2014年3月1日新《公司法》颁布实施，注册资本实缴登记制度转变为认缴登记制度，工商部门只登记公司认缴的注册资本总额，无需登记实收资本，不再收取验资证明文件。这样一来，很多企业在注册登记时，总以为反正不需要实缴资本，注册资本高一点更好，注册资本金额大能够显得公司有实力。，又没有能够充分考虑到注册资本认缴制下的复杂情形。随意的“注册资本”背后其实隐藏着无法扣除费用的税务风险，并引发一定的税务问题，下面跟大家分析一下。
一、投资未完全到位，利息不能税前扣除
在企业注册资本尚未缴足的情况下，企业取得借款资金进行经营活动发生的利息费用，面临不可以足额进行税前扣除的风险。
政策依据：
，，凡企业投资者在规定期限内未缴足其应缴资本额的，该企业对外借款所发生的利息，相当于投资者实缴资本额与在规定期限内应缴资本额的差额应计付的利息，其不属于企业合理的支出，应由企业投资者负担，不得在计算企业应纳税所得额时扣除。”
据上述规定，企业存在实缴资本额低于应缴资本额的情形利用借贷资金进行经营活动产生利息费用支出的，实缴资本额与应缴资本额的差额部分对应的利息费用支出不属于企业所得税法实施条例第二十七条所规定的“合理的”支出，不允许税前扣除。
另外，如果企业向关联企业借款，实际支付给关联方的利息支出，不超过2:1的债资比例和税法及其实施条例有关规定计算的部分，准予扣除，超过的部分不得在发生当期和以后年度扣除。而在注册资本尚未缴足的情况下，依2:1的债资比例计算的利息支出准予扣除的金额自然会减少，纳税调增的风险会增大。当然，企业如果能够按照税法及其实施条例的有关规定提供相关资料，并证明相关交易活动符合独立交易原则的；或者该企业的实际税负不高于境内关联方的除外。
简单说来，就是假如公司注册资本一个亿，约定2016年12月31日缴纳完毕，但是你们公司一直没有实际缴纳的话，你们公司如果在2017年借款1000万，这1000万的利息是不可以所得税前扣除的！
二、认缴后未（全部）实缴出资，股权转让个税会有大麻烦！
认缴后未（全部）实缴出资情况下的股权转让所得税问题，主要是个人股东的个人所得税，法人股东除涉及关联企业股权转让外，企业所得税方面一般不存在问题。
股权转让所得税问题其实就是股权转让收入和股权原值的确定问题。
（一）股权转让收入如何确定
政策依据：
，下面简称“管理办法”）的第四条规定，个人转让股权，以股权转让收入减除股权原值和合理费用后的余额为应纳税所得额，按“财产转让所得”缴纳个人所得税。第十二条规定，申报的股权转让收入低于股权对应的净资产份额的，应视为股权转让收入明显偏低。《管理办法》把“股权对应的净资产份额”作为判断申报的股权转让收入是否明显偏低的依据之一。申报的股权转让收入明显偏低且无正当理由的，税务机关采用净资产核定法时，核定的股权转让收入=股权转让时公司的净资产×股权转让比例。该核定方式在实缴制下或认缴制下全部认缴出资已到位的情况下是合理的，但在认缴制下当认缴出资尚未全部出资到位的情况下就会出现不合理的情况。
（二）股权原值如何确定
《管理办法》第十五条和第十六条规定了“以现金出资方式取得的股权，按照实际支付的价款与取得股权直接相关的合理税费之和确认股权原值”等六种确认个人转让股权原值的方法。而对于认缴制下未实缴的股权原值如何确认，《管理办法》中并没有明确的规定，在上述案例中，若只有实际缴付至公司的出资才可以作为股权转让的原值扣除，那么，股东丙的股权原值应为零，则其股权转让所得应为600万元，应纳个人所得税600万元×20%=120万元，这显然是不合理的。
在认缴后未（全部）实缴出资情况下，股权转让收入和股权原值应相互综合考虑来确定，如上述案例中，股权转让收入600万元包含了应缴公司的注册资本400万元，若只有实际缴付至公司的出资才可以作为股权转让的原值扣除，则股权转让收入应扣除应缴公司的注册资本金400万元后确定为200万元；若根据三方股东签订的股权转让协议，可将由甲、乙从股权受让款600万元中缴付至公司欠缴公司的注册资本金400万元，作为股东丙的股权原值，则股权转让收入为600万元。两种方法下，股权转让所得都为200万元。，股权转让收入和股权原值的确定问题。
三、多余的注册资本金获取的利息收入，个人股东所获的税后收益税负较重
注册资本定高了，个人股东按企业章程实缴后，企业资金就会出现闲余，只好放在银行获取利息收入；而如果是公司制企业，利润要交纳25%的企业所得税和20%个人所得税后才分红到股东，相对于股东个人自行投资或投到个人独资、合伙企业，个人股东所获的税后收益税负较重。
所以，也不能傻傻的为了全部实际缴纳，就多实际缴纳过多注册资本，从而让股东收益遭受损失！
四、最后提醒一下，注册资本实行认缴制后，认缴但未实际收到投入的资本时，无需缴纳印花税，待实际收到投入资本时再缴纳印花税。